电子显微镜能在CDD光学镜头的基础上进行光学变焦，具有很强的微距观看模式和高清分辨能力，能通过中央处理器进行各种标本分析，且能连接电脑进行标本扫描。一般用于医学细胞成分的分析用。同我们数码相机类似，不过分辨率和采样率却不同。 而光学显微镜则是通过镜片的调焦和调衡实现，学校实验室大都是这种显微镜。和电子显微镜相比。光学显微镜图像是直接通过我们肉眼观看，也只是单纯的光学变焦而已。不能像电子显微镜那样通过软件对细胞尺寸、质地和结构进行分析。最终通过液晶屏或CRT显示器显示出来。 顺便说明，两者用途大相径庭，如果你只是用来观看不需要分析，光学显微镜就足以，如果需要对细胞进行分析和其它方面的计算，那么就必须的选择电子显微镜，毕竟两者一个是电脑分析给我们看，一个是我们肉眼直接观看。 电子显微镜能通过其它辅助扫描（红外、射线等）观看到光学显微镜看不见的细胞，具体什么细胞很难说，例如微型癌变细胞、真菌等等。